第二阶段的研究很快便开始了，芙伊和欧文被强召回去。临行前，芙伊担心辛诺一个人在家会被拐走，特地嘱咐了机器人管家和屋子其他的机器人，不能让辛诺离开房子半步，其余的随便他做什么都行。
辛诺一个人待在芙伊的家里，百无聊赖，无意之间竟然闯进了芙伊的私人收藏室。那是一个隐蔽的空间，里头珍藏着芙伊从各个星球搜罗来的宝贝。
辛诺惦着步子进了这个漆黑的暗室，未曾找到房间里电灯的开关。无可奈何，只好唤来了机器人管家帮忙。阴差阳错之下，一本厚重的旧书从书橱顶格坠落下来，真好砸在了辛诺的脚边，一张泛黄的老照片从书页中脱落。
“这是什么？”
辛诺询问机器人管家，得到的却是沉默的摇头。书本上烫金的六个大字映入眼帘――“星际文明简史”
这是辛诺从未在Y星图书馆见过的书籍，上面记载着宇宙星河中无数生命的诞生和灭亡。按着时间顺序，辛诺找到了有关Y星灭绝只字片语的记载。
“虫族入侵，能源衰竭，Y星人类自取灭亡。”
辛诺震惊地看着书里的记载，不敢相信这是所谓的事实，“不可能，绝对不可能。”
尽管他也不知道Y星上其他人是怎么死的。在灾难来临之前，他早已被冰封进冷冻仓，无从知晓外界的情况。一直到很多年后他从冷冻仓里苏醒，第一感觉就是他与亲人的血脉联系中断了。就像连着的丝络，被人硬生生地从中割断。自此以后，他便是Y星上唯一的幸存者。
如果一颗星球完完全全被虫族占领，那么它便与一堆恶臭的垃圾无异，都是作为虫族寄居的空壳。Y星人知道他们已经无法拯救这颗无助的星球，索性决定与虫族同归于尽。与其变成虫族寄生的躯壳，倒不如奋起反抗，为自己留一点儿作为人的尊严。
实验室内的人少了三分之一，地上弥漫着深褐色的血迹。芙伊混迹在人群之中，死寂的目光凝视着台上的欧文。
只见他身着熨贴得体的制服，亮眼的徽章在灯光的照耀下显得极为刺眼，他扬起洁白的手帕擦去肩上的灰尘，漫不经心的眼光扫过台下的一众研究员们。“第一阶段的研究非常成功，接下来的实验还需要在座的各位多加努力。”
台下死寂一般无人回应欧文的话语，他们看着自己的同事被拖走，研究成果被损坏，却碍于强权的压迫无可奈何。芙伊在心里猜出了几分欧文的算盘，研究肖像画是假，想要肃清研究所内的虫族是真。但又有多少无辜的人在这场大清洗中丧命，具体数字她无从得知。
但眼见的事实令人窒息，离她最近的那个老研究员，兢兢业业工作了数十年才评上高级教授的职称，转头就在这次的大清洗中被调查员们屠杀拖走。
尽管这个老实的研究员未曾变出虫族的模样，但就是没缘由的被拖进熔炉销毁。在强权面前，人类失去了基本的生存权利。如何活下去，是当前迫切需要思考的问题。
隔着密密麻麻的人群，芙伊的视线与路西的视线交替。他也一副忧心忡忡的模样，但心里想着的却是别的东西。
第二阶段的研究，每个人都被关在单独密闭的实验空间，与外界完全失联。路西下定了决心，决定铤而走险。尽管欧文一而再再而三的逼迫他，他早已无处可逃。
安静的大厦内，于空旷的库房传来了一声巨响，调查员们的聚集地发生了严重的爆炸事件。被关在高压笼子内的母虫破门而出，四处扩散。而所有的研究员被困在自己的工位上无处可去，给了虫族有机可乘的空子。
欧文在剧烈的爆炸中受了点小伤，虽无大碍，但唯一遗憾的就是他那身妥帖的制服成了破布。他顶着一张怒意滔天的面庞从聚集地出来，单手一枪就结束了不远处逃窜的一只母虫。